「輸出入検疫」とは、海外からの感染症や害虫の侵入を防ぐために、空港や港湾または指定された検疫施行所や検疫所で行われる検査などをいいます。
輸出入検疫の対象となる動物・植物を輸出入する場合は、農林畜産検疫本部に、水産生物を輸出入する場合は、国立水産物品質管理院に検疫を申請し、それぞれ動物検疫官、植物検疫官、水産生物検疫官の検疫を受けなければなりません。
販売を目的とし、または営利目的で使用するために畜産物を輸入する場合は農林畜産検疫本部に、食品などを輸入する場合は食品医薬品安全処に届け出て、検査を受けなければなりません。